为保持洁净室内空气洁净度，必须严格执行相关维护规定，以防止洁净室内尘粒、微生物的产生、滞留、繁殖，保证设备及人员的安全。
一：进出洁净室的管理
进入洁净室的人员应严格要求执行人身净化制度、路线和顺 序。退出洁净室时，必须按如上顺序、路线进行，不允许将洁净用品带至门厅。
若有吹淋室，必须按规定进行吹淋后,方可进入洁净室内。同时，严格按照风淋室的规格和使用要求，控制每次进入风淋室风淋的人数，不允许正在风淋室强行关闭运行风机或电源。一般经过风淋，人身表面散发的灰尘粒子数减少40—60% 。
为不干扰室内的洁净气流型式，在作业区上流侧不应放置物品，回风口附近不要堆放物;送风孔板下不应堵塞和堆放物品，生产操作应在洁净工作台或气流的上游进行。
不允许将与生产无关的和容易产尘的物品带入洁净室内。
严禁在洁净室内吸烟、饮食和进行非生产性活动。
进入洁净室前，个人物品须放入指定的柜子，去掉化妆和首饰，换上指定的洁净服、鞋。
戴帽时，应将头发全部遮住，鞋套应将裤脚下摆紧紧裹在鞋套。
脱洁净工作服时，要避免工作服触及地面、桌子与其它物品，一般要由下至上脱去工作服，并存放在柜内或挂在规定的处所。
退出洁净室时，在更衣区前不允许脱掉洁净工作服;脱去工作服后若再进入洁净室内，仍需按进入洁净室的规定顺序进行。
退出洁净室时，可以不需要经过空气吹淋而进入更换区域。
二：洁净室内的作业人员管理
手是交叉污染的媒介，润德净化作业人员进入洁净室内均需洗手，不要用手触及高净化产品和高净化包装材料等;对药品生产作业人员还需进行消毒处理。
不允许下列人员进入洁净室：感冒、咳嗽、湿疹等疾病患者;未按规定洗去化妆品、指甲油和未穿洁净工作服者;作业人员宜经常洗头、换衣、剪指甲。
作业人员在洁净室内工作时，动作要轻，严格执行操作程序，不作易发尘的大幅度动作，不要拖足行走，不做不必要的动作;不允许穿洁净工作服上厕所。
在洁净室内，要按要求戴手套，不要露出手腕，手套要经常更换。
对进入洁净室人员要进行相关的培训教育：掌握所在洁净室特点、构造、洁净技术一般知识，人员净化程序及物料净化路线要求，洁净工作服的使用、清洗要求，洁净室的清扫、清洗和消毒，洁净室的安全设施及安全管理规定。
洁净工作服应选产尘量少，又能抗静电的衣料制作，一般1～10万级洁净室内用分装型，100～1000级的用连体型。洁净鞋套**使用一次性的，洁净鞋要求是可洗涤式的。一般地，穿洁净服的人在行走时，表面散发粒子数比穿普通衣服的人减小40—60倍，故此点对高洁净度厂房的维护管理十分重要。
洁净工作服要有专人管理，定期检查，清洗。一般每周清洗一次，通常清洗50～100次后应检查确定是否报废。
洁净室内的“5S”运作需确保随时性和持续性，并由现场管理人员执行区域化定位管理。
三：洁净室内的清扫、灭菌
洁净室的清扫一般须在生产工艺结束后进行;如有必要在生产前清扫，则工艺生产必须在净化空调系统开机运行时间达到洁净要求后方可开始进行。为防止交叉污染，清扫洁净厂房设施均应按产品特点、工序要求、洁净度等级不同分别专用。
清扫工具一般采用集中固定式和便携移动式真空清扫设备。如不具备上述条件，也可采用不掉纤维的材料如丝光毛巾、尼龙布进行擦拭，一般每天1次或数次。 工作台及工器具清扫一般每天一次;10～1000级厂房墙壁、地面清扫，一般每周一次，1万～10万级每月一次。净化空调系统每年宜清洗1～2次，并委托专门清扫人员进行。
洁净室灭菌
对生物洁净室，除对送入洁净室的空气中的生物或非生物微粒数要受到控制，还要对室内器具、地面、墙面、壁板等表面进行消毒处理。空气洁净技术不能杀灭细菌，生物洁净室运行管理中必须采取消毒、灭菌措施，减少微生物在洁净室中的生存、繁衍。
目前，传统灭菌方法为：紫外线灭菌、药剂灭菌、加热灭菌和臭氧灭菌法。它们安全可靠性都很好，应用最为广泛。 另外，整个被消毒灭菌的洁净室应通过送回风管形成循环状态，每天开机做空气灭菌1—1.5小时;若需对洁净室墙体、地面和设备等表面进行消毒灭菌则需2小时左右。